Зачем прививать растения? черенкованье ведь тоже вегетативный метод.

НЕ каждый черенок можно укоренить. Да и корневая система у укоренённого черенка мочковатая, т. е поверхностная. Для холодных районов это фатально, она может вымерзнуть даже под большим слоем снега.

Черенкуют когда размножить хотят А прививают разные сорта на зимостойкий подвой

прививают обычно деревья, и прививают на более зимостойкий подвой и он добавляет зимостойкости привою, т. е. из черенка этот же сорт будет менее зимостоек и к тому же его корневая не будет иметь центрального якорного корня--мало того что она будет поверхностная и от этого менее зимостойка и менее засухоустойчива, так еще и от сильного ветра дерево может быть просто вывернуто из земли с комлем, и срок жизни таких деревьев в 2-3 раза меньше, чем у привитых

Для некоторых сортов очень важна мощная корневая система- получается сильное плодоносящее дерево с нормальным урожаем.

Зачем мучиться с черенкованием, когда за 2 минуты привил на дичку, что надо и вот тебе готовое дерево, или куст.

У обоих способов есть и плюсы и минусы. Прививка (менее зимостойкая) может погибнуть даже на живом подвое, у черенков эта проблема не так остра. С другой стороны, у дичка (подвоя) нормальная корневая система (у черенка придаточная), что в большой мере определяет долговечность всего растения.

черенки не всех растений дают корни и вырастают в полноценное взрослое растение

Не все растерия черенкуются. Например, яблоню практически невозможно размножить черенком.
Некоторые виды растений прививают, поскольку это экономит материал. На прививку идет черенок с 2-3 почками, а на прививку 1 почка. Например, розы.
Некоторые растения прививают на более морозостойкие корни.
Некоторые прививают на высокий штамб для декоративности. Например, штамбовые розы или цитрусовые.
Лимон могут прививать на сеянец, поскольку сеянцы более устойчивые. А еще есть сорта, такие как Пандероза и ее клоны (Юбилейный, Курский, Киевский), которые начинают цвести только что укоренившись и цветение у них частое и в ущерб росту. А привитый черенок уже будет на хороших корнях и не так страшно. Но в целом прививка лимона имеет смысл только на красивый ровный штамб, чтобы было высокодекоративное деревце.
Вот, например, у меня деревце лимона на штамбе:

Черенкование означает собственнокорневую систему, а в некоторых случаях она себя не оправдывает, поэтому проще вырастить дешевый подвой и прививать почкой - посадочный материал будет готов гораздо раньше. Собственные корни нарастают годами, следовательно занимают площадь... Для себя, несколько черенков, вполне реально, а вот для реализации - нерентабельно)

Подвой выбирают обычно более жизнестойкий. И результат скорее получится. Черенками размножить, скажем, яблоню - можно, но это очень трудоёмкое и неблагодарное занятие. Куда проще привить.