Город Веллингтон назван в честь Артура Уэлсли, 1-го герцога Веллингтон, выдающегося британского полководца, победителя при Ватерлоо, премьер-министра Великобритании, с целью увековечивания «связей метрополии с будущим города», а также в качестве благодарности герцогу, который поддержал принципы колонизационного плана Уильяма Уэйкфилда, основателя города.
Среди коренного населения Новой Зеландии, полинезийского народа маори, город известен под тремя названиями. Первое из них — Те Фанга-нуи-а-Тара (маори Te Whanga-nui-a-Tara, переводится как «великая бухта Тара»). Второе — Понеке (маори Pōneke), третье — Те Упоко-о-те-Ика-а-Мауи (маори Te Upoko-o-te-Ika-a-Māui, переводится как «голова рыбы Мауи»).
Кроме того, у Веллингтона есть несколько прозвищ: Столица-бухта (англ. The Harbour Capital), Велливуд (англ. Wellywood = Wellington + Hollywood) и Город ветров (англ. Windy City).
На одну неделю в ноябре 2012 года Веллингтон был официально переименован в Миддл-оф-Миддл-эф (Middle of Middle-earth, то есть «Середину Средиземья»).
.
