Чем вызвано жестокое отношение конкистадоров к местному населению в Америке?

Золото, жадность, общая дикость нравов.

начнем с того, что Ватикан не считал негров и индейцев за людей. Потому их можно было и обманывать, и брать в рабы, и даже охотиться на них для пропитания.

Времена были суровые, не церемонились и со своими-то, а уж чужих вообще за людей не считали.

Им людоедов надо было в десны целовать вопрос смайлик

В библии индейцы не описаны, значит, не потомки Ноя, значит, и не люди вовсе. Вот и резали, как животных, не беря грех на душу.

Все завоеватели жестоки к покоряемым народам, хотя бы потому, что покоряемые народы тоже не рады своим завоевателям.

Викинги вот младенцев в воздух подбрасывали и на копье нанизывали. Игрались. При том, что и вера могла быть одна и раса.

Хотя бы тем, что все не христиане считались язычниками, то есть сознательно придерживающимися неправильной веры. Ну и золотишка хотелось.

Прежде всего тем, что местные индейцы не были христианами, а значит, по их мнению, не заслуживали даже толики снисхождения. Не более, чем животные.
Термин "Права человека", был введён католическими монахами с целью защиты индейцев от массового и бессмысленного уничтожения белыми пришельцами, после того, как монахи убедились в том, что индейцы - вполне люди.
Ну, и сами индейцы тоже были далеко не ангелы.
Точнее, поступали друг с другом со зверством, совершенно даже для испанцев необычайным.