Программирование на языке Java в интегрированной среде разработки NetBeans. Желательно с объяснением!

NetBeans - Закопан.
Преходи на другю IDE

Начни читать с типов данных и переменных.

1. Запускаешь NetBeans. 2. Внимательно читаешь стартовую страницу. 3. Не отказываешься от обученя, которое там предлагается.

Программирование в NetBeans не отличается от какого-либо другого ничем, ибо это просто среда разработки)
А методы выглядят следующим образом:
/*
* Шапка метода, где указаны модификатор доступа, возвращаемый тип, и аргументы -
* в нашем случае это public - что значит видимость в пределах всего проекта
* int - значит, что результат метода - целое число
* и один аргумент (входные данные) - это радиус
*/
public int CalculateArea(int r){
/*
* Число PI из стандартной библиотеки Math - типа double - число с плавающей точкой,
* а радиус целочисленный, и для записи в целочисленную переменную придётся использовать
* явное приведение типов. (с нас в своё время требовали делать всё в целых числах, если с вас не требуют - можешь спокойно менять все типы на double)
*/
int S = (int) (Math.PI * r*r);
return S;// результат работы метода
}

//см. выше, тут разве что аргументов больше, а так - то же самое
public int FoundGreater(int a, int b){
int result = Math.max(a, b); //Стандартная библиотека Math уже всё за тебя решила =)
return result; //результат
}