By или with? Passive voice. (вн)

Проще говоря, если у тебя само лицо совершает действие, то by. with при помощи него.

Предлоги by и with выражают реликтовые падежные отношения в английском языке: by - творительный падеж, with - инструментальный. Т. е. в данном примере именно ветер "творит" всё это с flames. Одушевлённость-неодушевлённость здесь не при чём.

Вот смотрите, здесь очень хорошо объясняется, и ваш случай тоже упоминается (в 3-ем пункте) :
Любимые предлоги The Passive Voice
В предложениях, где работает Passive Voice, очень часто встречаются следующие 4 предлога: By 1) создаёт образ, равный русскому образу “кем” (творительный падеж) и применяется, если в предложении указывается действующее лицо. This book was written by Shakespeare

2) этот же предлог применяется, когда в предложении действие совершается не самим человеком, а каким-то механизмом. The tree war broken by a car yesterday

3) этот же предлог используется, когда действие в предложении произведено какими-либо природными силами. That white tower on a hill was terribly damaged by a strong tornado last March(Эта белая башня на холме была ужасно повреждена сильным торнадо в марте прошлого года) .

With создает образ «чем» и применяется, когда в предложении обозначен инструмент, орудие с помощью которого действие совершено. This letter was written with a pen, not a pencil A man was killed with a knife

Но: это “чем” не распространяется на вещество, например «чернилами» будет “in ink”.

Of создает образ “из чего”. В английском языке есть устойчивое выражение to be made of…What is this … made of?

Ветер сам осуществляет действие, а не посредству ветра кто-то осуществляет, поэтому и BY.
Плюс в художественной литературе нередко неживое наделяется характеристиками разумного и рассматривается под несколько уже другим углом.

ТОЛЬКО by!!!
никаких - with!