Как образовалось позднелатинское слово?

Конфедерация, как слово, возникло исходя из различностей этих понятий - федерация и конфедерация.
Con (кон) - на латинском означает отделение, т. е. в слове конфедерация - возможность отделения присутствует. Это основной ответ на Ваш вопрос.

Хотя эти понятия имеют не только внешние, но и содержательные совпадения, поскольку оба выражают форму договорного политического союза, - однако и разница между ними принципиальная. Конфедерация, иначе говоря над или сверх-федерация означает нечто, выходящее за пределы государственности, хотя и небезразличное для внутреннего государственного устройства.
Образование конфедерации порождает не союзное государство, а союз государств. Важно заметить, что межгосударственные отношения составляют объект международного права. Но такие союзы, как конфедерация, уния и протекторат определяют не только внешнеполитическое положение их участников, но и некоторые стороны национальной государственности. Поэтому конфедеративные и подобные им отношения непосредственно связаны с государственным правом.
Конфедерация представляет собой союз государств, объединившихся на основании договора для осуществления общих политических целей и обязующихся согласованно принимать решения, в том числе по вопросам внутригосударственных отношений.
Юридической основой конфедерации является договор, заключенный государствами-союзниками. Этот договор или серия соглашений не являются основным законом, не составляют конституцию. Нo своей природе они относятся к категории международных (межгосударственных) соглашений.
Члены конфедерации не совершают окончательной передачи своего суверенита, политической правоспособности в пользу союза. Они сохраняют государственность и право распоряжаться ею. Вместе с тем конфедерация отличается от обычных международных договоров и организаций.
Участие в конфедерации связывает ее членов обширным комплексом обязательств. Причем конфедерацию может интересовать не только внешняя политика, но и государственный строй, внутриполитическое состояние входящих в нее стран. Так, Союзное собрание — орган Германской конфедерации, существовавшей с 1815 г. до создания Германской империи, — принимало, решения, обязывавшие союзников к принятию конституций, изданию законов, относящихся к правам подданных.
Сохраняя государственность, участники конфедерации отказываются от самостоятельного решения ряда политических вопросов. В ведение конфедерации обычно передается рассмотрение вопросов обороны, финансовой политики, таможенного дела, совместного участия в международных отношениях. Так, конфедерация Сенегамбия обеспечивала единое проведение внешней политики входивших в нее государств. Для этих союзов характерно создание объединенных вооруженных сил. Возможна высокая степень общности в сфере кредитно-денежной системы, унификация правовых систем, статуса личности и других институтов, регулируемых государственным правом.
Конфедерация имеет право принимать решения для выполнения возложенных на нее функций. Процедура принятия и правовое значение этих решений имеют существенные особенности. Обычные международные организации издают рекомендации либо вырабатывают тексты конвенций, которые подлежат подписанию руководителями присоединившихся государств и последующей ратификации. В конфедерации решения принимают союзные органы и обязывающее значение эти решения могут получить из союзного договора, то есть без непосредственного участия глав государств и парламентов, без дополнительных процедур парафирования (подписания) и ратификации.
В то же время решения, издаваемые конфедерацией, не являются законами. Их следует определить все же как акты международного, а не национального права. Эти решения создают права и обязанности не для граждан, не для юридических лиц, а в отношении собственно государств. За нарушение актов, изданных конфедерацией, она не может наказать лиц, являющихся непосредственными виновниками, поскольку члены союза сохраняют право юрисдикции на своей территории.