Так ли плох в литературе троп Мэри Сью/Марти Сью, как его малюют?

Сью - это непрописанный персонаж, без характера и логики. Такое не приветствуется и всячески порицается.
Если избранный прописан как герой, существует в реалистичном по логическим и психологическим реакциям мире, то он не Сью.
Эпосу и сказкам по умолчанию можно, потому что они порождения коллективного бессознательного, а не воображения одного автора.

Сказка это сказка, там волшебство. Фентези базируется на несколько иных допущениях. Там присутствует вымышленный реализм, действие тех или иных законов физики, а магия имеет обоснование и даже правила.

Нет, еще хуже.

сказки - это утрирование и упрощение для детского восприятия. В былинах и легендах тоже это утрирование есть, для своих целей. Есть черное и белое, и герой-символ белого, дающий веру и надежду.

Но современный начитанный светский человек, покупающий книгу - ждет ли он от нее утрирование и упрощение? Нет, он ждет живого человека и живой мир.

А живой человек должен обладать недостатками и слабостями, а также может быть неоднозначным, и поставленным перед неоднозначным выбором.

Недавно читала - вот попаданца просят спасти мир. Но, чтобы спасти мир от зла - ему надо сделать тяжелый выбор - тоже совершить зло. Пусть и меньшее, но погибнет много мирных людей. И этот выбор его долго вгоняет в ступор, но, наконец, он его делает.

А в сказке и былине этих мирных жертв бы и не упомянули, упомянули только бы его блистательную победу. Либо бы жертвы описали мимоходом как нечто пустяковое и ничтожное на пути его цели