В чём удобность книг в формате PDF?

Изначально - PDF-файл, созданный в программе в одной операционной системе (например в ОС Windows), может без танцев с бубном открываться на компьютерах с другими операционными системами (c ОС Apple, Linux/Unix, Android, Symbian, Solaris и прочей экзотике).

Поэтому в названии формата первой буквой является "P" (от слова Portable - Переносимый). В 80-х и 90-х годах XX века, - эпоху первых персональных компьютеров, - это было невообразимой роскошью и преимуществом.

Файл у себя внутре, тык скыть, может содержать полностью встроенные шрифты - это и некоторое другое позволяет сохранить авторское форматирование и верстку документа при его просмотре на любом компьютере. В файлы книжек формата EPUB также можно встраивать шрифты, кстати, но с векторными чертежами и таблицами, например, в EPUB - швах.

В файл PDF можно запихнуть много чего другого. Даже анимированные 3D-модели, видео, полиграфические цветовые профили для правильного воспроизведения цветов иллюстраций на экране и при печати и т.д.

И еще, изначально, файлы формата PDF были весьма компактными ... Сейчас это уже немного не так. Но PDF стал уже отраслевым стандартом во многих сферах.

Смотря для какой цели. Для электронных книжек не самый лучший формат.

1) Удобство, не удобность.
2) Форматирование полностью соответствует макету печатной книги, со всеми деталями ее оформления. FB2 не обладает такой гибкостью для передачи художественного оформления и таблиц. Детские книги, особо пышно иллюстрированные книги, иллюстрированные энциклопедии -- все это лучше смотреть в ПДФе.

НЕУДОБСТВО ПДФ:
1) От обилия иллюстраций "вес" файла может превышать все разумные пределы (напр., свыше 200 МБ), от чего и читалка, и слабенький комп могут подвисать.

Иногда они бывают бесплатными

Ни в чём.
По мне лучший это FB2.

н "удобность", а "удобностия"!

Иллюстрации, таблицы, вставки, если есть, правильно расположены относительно текста.