Как сделать сайт в стиле начала или средины 2000-х годов? Чтобы был как из тех времён.

вышвырнуть жс, использовать минимум css-а и всяких красивостей, при вёрстке полагаться на html (атрибуты и табличная вёрстка наше всё), не выпендриваться со шрифтами, фон либо отсутствует (белый), либо какой-нибудь нескучный тошнотворный орнамент

на самом деле как минимум парочку пунктов из этого списка (нетрудно догадаться, какие именно) нужно высечь в камне и заставлять веб-макак следовать им как заповедям, и это касается не только случаев, когда нужен закос под веб 1.0

флеш отправляется туда же, куда и жс, причём вне очереди, на правах ветерана :)

Табличная вёрстка, никаких "спецэффектов" и вообще поменьше css и js
Отличительная особенность (одна из): 100500 всяких-разных счётчиков в футере, буквально отовсюду

...php :)

У тебя неправильное представление о Flash. Он не для создания сайтов, а для мультиков, игр, баннеров и разных мультимедиа приложух. За время своего пребывания в интернете (с 1996 года) я только один единственный сайт встечал, который был полностью написан на Flash, это был почтовый веб-клиент.
Чтобы написать сайт на тех технологиях используй HTML, CSS и JS без анимаций со стороны CSS, без некоторых тэгов в HTML... Серверный язык не имеет значения.
Изучи разницу между HTML5 и HTML4, между CSS3 и CSS2 и не используй элементы из последних версий.

отнюдь не во флеше дело и не в языке

два основных отличия: табличная верстка (hello grid) и bubble дизайн - стиль элементов подстать XP(края были в мягких градиентах, а основное тело одного цвета, что создавало эффект фомовки/выдавленности/рельефа).

так же был так скажем специфичный макет наверное или компоновка.
никаких анимаций и реакций тоже почти не было
и если говорить о механиках, то подгрузка была редкостью, зачастую страница полностью перезагружалась а контент был разбит на страницы.
js и css выкидывать не обязательно, но вот своё присутсвие через UI они выдавать не должны

как рефы (правда все же из ну где-то 7-х годов) форумы типа 4pda, oszone, всякие программистские форумы и htmlbook

Ни одного правильного комментария. Я делаю сайты с 2002 года и прекрасно помню, что раньше сайты отличались только дизайном и наполнением, там было очень много JS и даже CSS. Тут люди думают что 2000-е про минимализм, ничего подобного.

Вот какие тогда были особенности:

1. Шапка на пол экрана, созданная в фотошопе, обрезанная на несколько частей и обратно собранная таблицами в HTML.
2. Кнопки сделанные в Photoshop с помощью эффекта Bevel and Emboss
3. ОЧЕНЬ ВАЖНО!!! Все дефолтные формы форматировались Windows XP и не отличались от системных стилей. Сейчас на Windows 10-11 они выглядят без стилей (плоскими), но тогда элементы формы стилизовались браузером Internet Explorer 6. Добиться этого можно и сейчас, просто скачать CSS стили XP.css из Github и дополнить ими свой CSS.
4. Адаптивный дизайн отделить от десктопного. Нужно понимать, что тогда тоже делали адаптивный дизайн, но он назывался wap-версией сайта. Шел редирект на эту версию, если заходили с мини-оперы. Причина: мобильного трафика было мало, и сайт должен был выглядеть хорошо прежде всего на компьютерах. Используя современные возможности CSS, такие как grid, flex, можно и без редиректа добиться всего этого. Гриды, это таблицы на максималках, они могут соединять графику обрезанную в фотошопе, и адаптироваться, менять свою структуру без JS, адаптируясь под все размеры экранов.
5. Делать надо "порталы", будет форум, доска объявлений, видео, поиск, каталог сайтов, знакомства, кароче все обо всем, свой Рамблер 2000 года. Тогда не делали магазинов и лендингов, потому что в интернете русскоязычные не платили деньги. Не было у людей на руках банковских карт, максимум можно было купить карты пополнения Яндекс денег в ларьке или пополнить счет через менялу на Webmoney. В основном этим заморачивались те, кто играли в интернете в азартные игры или в донатные flash-помойки 2000-х годов.
6. Сайт надо было наполнять ежедневно, а лучше ежечасно. Наводить там жизнь, чтобы попавшие туда из поисковика люди, могли найти полезным заходить периодически на сайт за информацией.
7. Предыдущий пункт важен, сайты все были информационные, это потом пришли комерсы и назаказали у веб-студий сайты визитки про свой кирпичный завод.

И сейчас можно иметь тот интернет, если бы вебмастера не думали только о деньгах. Как только админы сайтов поняли, что люди готовы покупать в интернете и есть для этого все возможности, те старые сайты перестали содержать, ведь за домен и хостинг надо денежку заносить постоянно, а то отключат сайт, надо продолжать наполнять их. А тут сделал лендинг, полил трафик, продал хлам и профит получил.