Могут ли запахи быть фантомными? Какова их природа?

Конечно же могут. Вот у меня например такое почти каждый день случается.
Причин может быть несколько.
1. Подумай о вкусе лимона, представь как ты его режешь, и во рту сразу же появиться слюна и ты ясно ощутишь вкус лимона во рту. То же самое и с запахами. Если хотя бы на секунду задуматься, скажем, о сирени, даже не задуматься а просто услышать или увидеть, то мозг отреагирует своеобразным воспоминанием из прошлого опыта, т. е. ты ощутишь как пахнет сирень.
2. Может быть и не фантомный запах. Наш нос способен распознать 3 молекулы вещества в миллионе молекул воздуха, так то. Так что может быть чем то едва едва пахнет но ты не поймешь откуда.
3. Самое интересное. Считается что окружающее пространство обладает памятью, все что было фиксируется на нивидимую пленку. И время от времени информация выдается. Например знаменитые фантомные образы знаменитых битв, сражений. Запахи то же способны черезь определенное время возвращаться, я например однажды явственно ощутил запах шоколада, ну как будто только развернул плитку, хотя ручаюсь что в этот момент никакого шоколада и близко не было, а все окна и двери были закрыты.
Вот так.

Фантомные чувства (от англ. phantom – фантом, призрак) ощущаются более слабо, чем собственные, и через некоторое время пропадают также внезапно, как и появились. Как призрак… Вы также можете передавать свои ощущения другим. Например, вы любите запах сирени, и вдыхая этот аромат, думаете о другом человеке. Он в свою очередь может внезапно ощутить запах сирени, не имея рядом с собой источника запаха. Расстояние здесь значения не имеет. Главное, чтобы тот, кому вы «намеренно передаете» запах его тоже любил, иначе у него может, например, заболеть голова… и вы тоже это почувствуете как ответ на свои «действия». Все мы имеем многочисленные связи на тонком уровне. И чувства или события только кажутся случайными, а на самом деле всегда существует причина или источник. фантомные чувства возникают внезапно и также внезапно исчезают, они более слабые, чем собственные, и не имеют отношения к вашему состоянию. Ощущаются на уровне энергетического (эфирного) тела. Как понять ваше это ощущения или фантомное? Нужно определить источник. Для этого при внезапном появлении нового ощущения, задать себе вопрос: где источник? и вы поймете причину.
На этапе развития энергетических способностей могут быть ошибки и это нормально.
Уверенность приходит с опытом.
При развитии энергетического потенциала тела повышается чувствительность восприятия. И иногда у вас могут возникать чувства, источником которых являются другие люди. Поэтому важно научиться разделять свои собственные чувства от других.

Подробно не смогу, не врач, но попробую :)
Любой внешний раздражитель, прежде чем появится у Вас в сознании, проходит через центральную нервную систему, то есть Вы не слышите, не видите и не чувствуете ничего непосредственно, а получаете уже обработанную мозгом информацию. Какие-либо сильные эмоции связаны как правило с внешним раздражителем (звуками, визуальным образом, запахами) , поэтому вполне вероятно, что при возникновении схожего эмоционального настроения мозг "продемонстрирует" Вам и внешний раздражитель, который был с ним связан.