Варфоломеевская ночь явилась поворотной точкой в царствовании Карла IX. Попрание Сен-Жерменского эдикта и бесчинства, творимые королевским окружением, начисто уничтожили какое-либо доверие к королевской власти со стороны протестантов. Надолго было покончено и с попытками мирного сосуществования, монархия окончательно вступила на путь полного искоренения протестантизма.
Ввиду достаточно неожиданного и во многом загадочного характера развития событий, Варфоломеевская ночь всегда была поводом для дебатов. В частности, историков занимает вопрос о мере ответственности короля. Долгое время считалось, что резня была напрямую инспирирована короной. С XVII века Карла IX считали фанатиком, лично призывавшим к убийству. Памфлетисты и романтики утверждали, что король лично стрелял в протестантов, пробегавших под окнами его дворца, что достоверно не подтверждено.
Здоровье короля всегда оставляло желать лучшего. Трагические события Варфоломеевской ночи травмировали его ещё больше. Назревает заговор против него и королевы-матери с целью посадить на трон Франциска (Франсуа) Алансонского. Заговор был раскрыт, но королю всё труднее переносить подобные удары судьбы. Он удалился в Венсеннский замок, где слег от болезни. Его мучила лихорадка, дыхание было затруднено, и он умер 30 мая 1574 года, не дожив месяц до своего двадцать четвёртого дня рождения. На следующий день Амбруаз Паре совершил вскрытие и установил причину смерти — вторичный плеврит, развившийся на фоне туберкулёзной инфекции.
.
