Что лучше веб-мани или Яндекс-деньги. Что лучше и почему?

Зависит от того для чего тебе нужен электронный кошелек. Если для оплаты услуг и товаров в Рунете - тут Яндекс. Деньги и Webmoney примерно равны, но вебмани гораздо более широко распространены и у них более высокий уровень защиты, больший выбор способов управления кошельком (киперов) . Есть так же Webmoney Check - способ платить вебманями НЕ СОЗДАВАЯ кошелька, кому-то так удобнее.
Если ты планируешь платить в основном в буржуйнете, то там однозначно Paypal, но без банковской карты (хотя бы и виртуальной) он для россияина бесполезен. Если ты хочешь зарабатывать в Рунете и потом обналичивать заработанное - однозначно Webmoney, ЯД крайне капризен в вопросах вывода и далеко не со всеми банками желает работать.

Яндекс и Киви работают только с физ. лицами и только в российских рублях. У Вебмани таких ограничений нет.

А вот если ты планируешь зарабатывать в забугорной части Инета, то тут придется заводить и Webmoney и Paypal - потому что прямого вывода с Палки для граждан РФ нет, но через барыг можно с потерей 13-20% перекинуть заработанное на кошелек WM.

Яндекс проще. И еще они сейчас - отделение Сбербанка, так что переводы с карты Сбербанка без процентов.

А вебмани остаётся пока популярнее

И там и там есть свои плюсы и минусы, лучше иметь кошельки в обоих системах