Помогите разобраться с Яндекс Директом .

Чем больше ключей, тем меньше стоимость клика. И тем выше вероятность выиграть борьбу за место показа в директе на аукционе яндекса. А вообще лучше найми директолога и не парься.

Их запросто можно запихать в 1 объявление.
Но это будет не слишком удачное объявление)

пользуйся адценсом, он попроще и обЪяснять никто ничего не будет

Здравствуйте)
Тысячи ключевых слов собирают для того, чтобы выиграть конкурентную борьбу за потенциальных клиентов. Чем больше у вас ключей, тем шире охват аудитории, а это значит, что вероятность получить больше клиентов выше. Собственно, только для этого и собирают такое большое количество ключей.
Сделать одно объявление на один ключ можно в excel, а научиться это делать вы можете, прочитав этот урок: http://blog.context-up.ru/urok-8-excel-dlya-direkta-kak-bystro-sozdat-reklamnuy-kampaniu/
Автор блога в этом уроке расписал все очень подробно, рекомендую
По поводу объявлений: да, вы правы. Одно объявление на один ключ. Это делается для того, чтобы объявление было релевантным поисковому запросу. Например, вы вели в поисковике фразу "купить большого розового слона" и вам показалось три объявления с заголовками:
1. Купить слона;
2. Купить розового слона;
3. Купить большого розового слона;
И с большой вероятностью вы кликните по третьем объявлению.
Также, данный способ написания объявлений позволяет здорово поднять CTR (кликабельность по объявлению), что в свою очередь снижает цену за клик, тем самым вы можете сэкономить на рекламе.
А и еще сам Директ снижает цену за клик если объявление имеет высокую релевантность ключевому слову.