Пруд там испокон веку существовал только один.. .
Известен с XVII века как Поганый пруд (в него сбрасывались отходы располагавшихся неподалеку мясных лавок и боен) . Из пруда вытекала река Рачка, протекавшая на юг и впадавшая в реку Москву у Воспитательного дома. В начале XVIII века вошёл в состав московского имения А. Д. Меншикова, был вычищен и с того времени получил название Чистый пруд или Чистые пруды.
Речка Рачка протекала вдоль нынешних Колпачного и Подкопаевского переулков. Название получила оттого, что в ней в изобилии водились раки - видимо, ещё до того, как запрудили Поганый пруд.. .
Впрочем, историческое название проявляется порой и поныне:
Начиная с 1990-ых Чистые пруды стали знаменитым на всю Российскую Федерацию культовым «тусовочным» местом столицы, где собирается богема и неформальные группы, любители альтернативной музыки, в основном так называемое поколение радио Ultra, в том числе рокеры, металисты, панки, готы, иногда скинхеды, а так же бомжи и гопники. Обычно отдыхающие люди встречаются у памятника Александру Сергеевичу Грибоедову, пьют пиво и другие алкогольные напитки «на травке» , лавочках и у фонтана в западной части Чистопрудного бульвара и называют это место «ЧП» , «Чистаки» или просто «Чистые» . По городской легенде, подкреплённой многочисленными фактами, правохранительные органы закрывают глаза на массовое распитие алкогольных напитков в данном общественном месте, в том числе несовершеннолетними. Также являются постоянным местом всевозможных политических митингов и празднований футбольных побед. Часто становятся местом проведения всевозможных флэш-моб акций. Не редки случаи массовых драк. В зимний период пруд используется как стихийный ледовый каток

В 1990 году название «Чистые пруды» получила станция московского метрополитена (с открытия, 1935, именовавшаяся «Кировская»).
Станцию сначала переименовали в "Мясницкую" - по названию улицы, под которой находится (в советское время - ул. Кирова) ; впрочем, это название она носила всего несколько дней: кто-то из чиновников "поповского призыва" решил, что лучше будет звучать название "Чистые пруды"...