Вход в пещеру расположен на высоте около 2250 м над уровнем моря в урочище Орто-Балаган. Карстовая пещера субвертикального типа, представляет собой череду колодцев, соединённых между собой перелазами и галереями. Самые глубокие отвесы: 115, 110, 152 м. На глубине 200 м пещера разветвляется на две главные ветви: Некуйбышевская (нынешняя (2008 г) глубина 1293 м) и Основную ветвь (нынешняя глубина 2191 м) . Начиная с глубины 1300 м основная ветвь разветвляется на множество других ветвей. В донной части известно более 8 сифонов (расположены на глубинах от 1400 до 2190 м) . Пещера заложена в известняковой толще, причём донная часть от глубины 1600 м заложена в известняках чёрного цвета. Водами пещеры Крубера-Воронья питается самая короткая река в мире — Репруа.
История исследования
Пещера открыта и впервые исследована до глубины 95 м грузинскими спелеологами в 1960 году. Тогда же получила свое первое название: пещера Крубера. Забытая пещера вторично исследована (уже до глубины 210 м) красноярскими спелеологами в 1968 году. Они использовали название пещеры: Сибирская. В 1982—1987 гг. о пещере снова вспомнили. На этот раз её исследовали киевские спелеологи до глубины 340 м. Появилось третье название: пещера Воронья. После абхазо-грузинской войны 1992—1993 гг. республика оказалась отрезанной от свободного посещения спелеологами. Работы возобновились в августе 1999 года, когда киевляне за одну экспедицию дошли до глубины 700 м. В августе — сентябре 2000 года та же команда достигла глубины 1410 м. В январе 2001 года экспедиция Украинской Спелелогической Ассоциации (УСА) при участии московских спелеологов поставила рекорд мира, достигнув отметки в 1710 м. На этом ветвь заткнулась непроходимым завалом. В августе 2003 команда Cavex пронырнула 4-й сифон в боковой ветви и остановилась на глубине 1680 м со свободным продолжением. В июле 2004 года та же команда в той же ветви поставила новый рекорд мира: 1775 м. В августе того же года экспедиция УСА исследовала ещё одну ветвь. И вновь рекорд мира: 1840 м. Через два месяца, в октябре 2004 УСА организовала новую экспедицию. 19 октября впервые в истории спелеологии преодолён 2-километровый рубеж: 2080 м. Серия экспедиций враждующих команд Cavex и УСА занималась проныриванием донных сифонов, несколько раз увеличивая глубину пещеры. Нынешний рекорд (-2190 м, август 2007) принадлежит Геннадию Самохину (УСА, г. Симферополь) . Первая женщина, достигшая глубину -2140 м, является Сауле Панкене из Литвы. Экспедиция, организованная литовским клубом спелеологов "Aenigma" в составе четырех человек и под руководством Айдаса Гудайтиса, прошла в сентябре 2010 г.
