Горы Койтендаг представляют собой юго-западный отрог Гиссарского хребта, западный (туркменский) склон которого сложен верхнеюрскими известняками и прорезан многочисленными ущельями с отвесными стенами. На юге хребта у села Карлюк обнаружено несколько карстовых пещер.
Пещера Кап-Котан - одна из них. Ее обширный грот с давних времен использовался местными жителями как укрытие для скота в непогоду. Но узкая щель, идущая вглубь горы - в основную часть пещеры - оказалась доступной только для специалистов-спелеологов. Поэтому со временем здесь создали рукотворный проход - в другом месте горы пробили тоннель.
Карлюкские пещеры - это настоящее царство тайн, загадок и вечного мрака. Лучи фонаря выхватывали из темноты его залов причудливые формы сталактитов, напоминающих порой скульптурную галерею. Вот, например, огромная каменная голова моржа, по усам которого стекают изумрудины кристально чистой воды.
Переходы из зала в зал занавешены свисающими сталактитами и растущими им навстречу с пола сталагмитами, а также кое-где колоннами сталагнатов. В "жемчужном" зале все наплывные поверхности инкрустированы раковинами моллюсков-жемчужниц. В "новогоднем" зале белоснежные сталагмиты, прозванные Дедом Морозом и Снегурочкой. Во время путешествия в недрах горы можно наткнуться на жилы мраморного оникса - полудрагоценного поделочного камня.
Характерная черта горного ландшафта Койтендагского заповедника - узкие длинные ущелья с отвесными стенами "дере". Они связаны с выходом грунтовых вод, поэтому всегда отличаются наличием родников или водопадов и по растительности резко контрастируют с засушливой окружающей местностью.
Каждое ущелье обладает неповторимым своеобразием и уникальными чертами. Например, в Булак-дере есть весьма необычный водопад. На карнизе скалы у выхода грунтовых вод когда-то вырос влаголюбивый папоротник адиантум Венерин волос. С тех пор карниз украшают пряди "волос" богини любви Венеры, по которым стекают хрустальные капли, а сам водопад так и называется "Волосы Венеры".
"Там на невиданных дорожках следы невиданных зверей... "- так можно сказать о селении Ходжа-пиль, вернее о Плато динозавров, что находится в окрестностях этого селения. Местные жители о необыкновенных следах знали давно, даже поселение свое назвали "Следы слонов святого деда" - Ходжа-пиль Ата, и связывали их со слонами в войске Александра Македонского или же со слонами некоего хаджи, вернувшегося из Индии с диковинными животными.
Горы Койтендаг, кажется, так и изобилуют чудесами. Чего стоит только карстовый провал с озером на дне в окрестностях селения Карлюк.
