
Монастырь основан в X веке, после смерти отшельника Ивана Рильского (19 октября 880 - 18 августа 946), который здесь жил и уже при жизни обрел статус святого. После смерти Ивана (18 августа 946 года) , в основанный учениками монастырь потянулись паломники, к мощам Рильского, которые обрели животворную силу и как бы стали национальным символом Болгарии. В 980 году, через сто лет от рождения святого, мощи забрали в Средец (ныне София) .

Затем в 1183 году их украл венгерский король Бела III, поместив их в свой католический Эсбергом. Однако через 4 года они возвратились на родину (поспособствовал византийский император) . Далее в 1194 году мощи переместили в Тырново (на ту пору столицу Болгарии) , и возвратились они в Рилу только в 1469 году. Правая рука Рильского (по одной из версий) захоронена в России, в городе Рыльск Курской области. А левая рука Ивана хранится в родном для Иоанна монастыре в серебряном ящике и публике не демонстрируется.

В 1334-1343 годах монастырь был перестроен по воле воеводы Хрелю Драговолы. В начале XV веке османы разорили его, но в конце того же века монастырь стал пользоваться поддержкой из Руси, монастырь перестроили. В дальнейшем, после пожара, в 1834-1862 годах его вынужденно перестроили (архитектор Петар Иванович) и с этого момента он сохранился до наших дней.

В 1983 году Рильский монастырь внесен в список всемирного наследия ЮНЕСКО. Монастырь действующий, подчинен Священному синоду болгарской православной Церкви. В монастыре очень красивые фрески на сводах галерей, это самоковский стиль иконописи. Монастырь это пять круглых куполов, три алтаря и золотой иконостас по дереву.

В монастыре хранится икона Девы XII века, сердце царя Бориса III (останки царя были разбросаны коммунистами по ущелью, а сердце уцелело) , деревянный крест Рафаила (81 на 43 см) с уникальной резьбой (на кресте монахом вырезаны 104 библейские сцены и 650 фигур размером с рисовое зерно) , и другое.

От задних ворот монастыря по тропинке через реку можно добратся к церкви Введения во Храм Богородицы (конец XI века) , которая окружена могилами монахов. Также туристы посещают пещеру, где жил Рильский. Недалеко от пещеры находится часовня святого Луки и Ивана Рильского. Лука был племянником Ивана Рильского и первый уверовал в его святость.
