В чем заключалось главное отличие городов Московской руси от заподно-европейских городов?

Отличия городов Руси и Западной Европы:
1. В Западной Европе ремесло развивалось интенсивнее. Благодаря той роли, которую города играли в жизни средневековой европейской цивилизации, ее можно назвать не просто аграрной, а аграрно-ремесленной цивилизацией.
2. Договоров между феодалами и городами на Руси не было, тогда как в Западной Европе это было распространенным явлением.
3. Русские города отличались от западноевропейских внешним видом: русские города, в основном деревянные, а западноевропейские – уже с 13-14 веков застраиваются каменными и кирпичными строениями.
4. Самоуправление городов Западной Европы в средние века было более совершенным по сравнению с русскими.

Чистотой

Какие-никакие, а туалеты или хотя бы ямы во дворах были в отличии от западной европы где было принято горшки просто выливать в окна на улицу. Оттуда-то кстати и пошли эти знаменитые широкополые шляпы и жест при входе в дом какбы приветствуя размахивать ими. На самом деле они взмахом просто сбрасывали оказавшееся на полях дерьмо.

В Западной Европе городами называли населенные пункты имевшие особые права. Прежде всего судебные и таможенные. В Московской Руси город это настеленный пункт огороженный стеной, что и отражено в названии.

деревянные постройки Древней Руси, которых практически в силу их хорошей горючести не осталось...
Каменные постройки Западной Европы: Даже некоторые постройки римлян все еще сохранились, не в первозданной красоте, но сохранились...

Во всех древнерусских городах были мыльни (бани). В Европе их не было

Они отличались кардинально. Можно сказать развивались в параллельных мирах. Киевская Русь значительно отставала в развитии, она двигалась как черепаха. Западные страны же активно развивались, тем более они были намного богаче и тем самым у них было больше возможностей.
http://histerl.ru/lectures/moskovskaia_rusi/kultura_moskovskoi_rusi_14-17_veka.htm
Так продолжается и сейчас, практически ничего не поменялось.