Зачем нужна папка ProgramData? Можно ли почистить ее содержимое?

c:\ Program data в Vista - это Фактически по аналогии с XP - профиль который раньше был в "c:\documents and settings\All Users"
Папка и сейчас осталась для совместимости в профилях - с: \Users\All data, но по сути она является всего лишь ярлыком к папке "c:\ Program data" (на эту папку ссылается с: \Users\All data\Application Data)
Грубо говоря в этой папке держат свои настройки для ВСЕХ пользователей установленные на данном компьютере программы.

Удалять оттуда данные вы конечно можете, но делаете это на свой страх и риск, например Касперский, возможно при изменении каких либо своих компонентов обращается к инсталляшке, находящейся в этой папке. возможно если он её не найдёт, то выдаст какую нибудь непонятную ошибку, или возможно корректно потребует указать новое расположение дистрибутива.
В любом случае удаляя из этой папки какие либо данные вы должны быть уверенны что эти данные не понадобятся установленному приложению.

Можно! Эта папка для запуска установленных приложений!

Это системная папка, удалять которую нельзя. В папку ProgramData, расположенную в корне системного диска, некоторые приложения распаковывают свои установочные файлы, которые можно безболезненно удалить. Однако в этой папке также могут храниться важные файлы и данные установленных программ. Поэтому удаление файлов из этой папки может привести к неправильной работе программ. Также в этой папке хранятся настройки программ всех пользователей компьютера
Удалять оттуда данные Вы, конечно, можете, но делаете это на свой страх и риск. Например, антивирусная программа, возможно, при изменении каких либо своих компонентов обращается к установочному файлу, находящемся в этой папке. Вероятно, если она его не найдёт, то выдаст какую-нибудь непонятную ошибку, или возможно корректно потребует указать новое расположение дистрибутива.
В любом случае, удаляя из этой папки какие либо данные, Вы должны быть уверенны что эти данные не понадобятся установленному приложению.
А для увеличения свободного пространства на диске воспользуйтесь программой Очистка диска (%windir%\system32\cleanmgr.exe), это стандартное приложение Windows.

У меня в этой папке уютно устроились разные червячки, трояны и прочая живность.
Пришлось проредить популяцию :)

Говорили тут уже, используй windowsfix.ru