Чем отличаются ОС в запуске программ? Например Windows, Linux и др. Конкретней вопрос внутри.

Для Windows нет прог на языках C++ и Pascal. Она не понимает этих языков. Она понимает exe-файлы, в которых содержится машинный код. Есть программы-трансляторы, которые переводят с этих языков в машинный код для Windows. Для этих же языков есть трансляторы, которые переводят ту же программу с C++ или Pascal в файлы с машинным кодом для других систем - Linux, Mac OS... Такие программы есть и для десятков других языков.
Однако программа, переведенная для Windows, прямо на Linux не пойдет, и наоборот. Хотя существуют промежуточные программы, имитирующие Windows на Linux и наоборот, так что с их помощью можно запускать программы для другой системы, но далеко не все и выполняться они будут намного медленнее.
Хотя есть несколько языков, для которых в Windows уже встроены программы, которые на ходу переводят текст в машинные коды и выполняют его - VBScript, JScript...
То, что у Linux "открытое ядро", не имеет к выполнению программ никакого отношения. Это означает только, что исходные коды ядра Linux открыты для всех желающих, а у Windows исходные коды ее ядра - секрет Microsoft.
P.S. Да, Windows можно дополнять пониманием других языков. Но нормально программы заранее переводят с таких языков в язык, понимаемый Windows - язык машинных кодов. Такие программы работают намного быстрее.

Вот среда программирования для Windows, Linux и MacOS X http://rutracker.org/forum/viewtopic.php?t=3232116

А может быть и так -
Прога для х86 Линукс не пойдёт на Линуксе PowerPC разумеется, поскольку хоть и ОСи одинаковые - архитектура процов разная.

языков программирования довольно много и чтобы они запускались на той или иной ОС нужно компилировать под ту ОС
если появиться новый язык программирования, то при компиляции всё равно программа будет преображена в двоичный код и благополучно запуститься
некоторое языки программирования: delphi, c#, c, action script. php и т. д.
у каждой операционной системы своё ядро (кроме mac os x), и автору решать открытое оно или нет
открытое обозначает что любой человек может посмотреть исходный код и сделать с ним что-то для себя
запускать программы можно, но они там не виндовские, есть конечно те кто пишут ПО под разные оси

с открытым ядром энто значит, что код ядра открыт, можеш сам круто его переписать и будит не работать ос )

Там не в языках дело, а в структуре файлов, виндовые не пойдут на линукс, линуксовые не пойдут на винду, даже если они на одном языке написаны.
А открытость ядра линукс заключается в том, что его исходный код доступен всем и каждый может изменять его как пожелает.

язык это просто связующий между тобой и компилятором, а вот компилятор кокрастаки и переводит твою прогу на язык понятный машине, если тебе не предеться писать сам компилятор то тогда нестрашно, напишут компилятор и будешь пользоваться

Если тебе интересно детально разобраться, то есть книга "Операционные системы" автор Столлингс.
Если вкратце - любая программа, написанная на языке программирования, перед запуском компилируется (переводится в машинные коды) . Если появится новый язык программирования, то для него соответственно появится и компилятор, иначе нет смысла. Винда и Линукс - тоже программы) ) То, что у линукса открытое ядро - это значит, что ты при наличии прямых рук можешь изменить какой-нибудь функционал самой операционки, например работу с вводом/выводом, файлами, процессами ))