Как настроить сноски в MS Word, чтобы в тексте они автоматически ставились [1],[2],[3]...,а в конце документа 1, 2, 3..

В общем-то там нечего настраивать.
Вставляешь в нужном месте концевую сноску (в кнопке "Параметры" выбираешь стиль - 1, 2, 3 вместо римских) .
Если нужно перекрестную ссылку сделать, т. е. на ссылку, которая уже встречалась ранее в тексте, то так: Вставка / Перекрестная ссылка
(Объясняю по версии Word 97, в более новых версиях, возможно "Перекрестная ссылка" зарыта в "Ссылках / Сносках".)
Выбираешь Тип ссылки: [Концевая сноска] и из списка существующих концевых сносок выбираешь нужную.
Еще можно подредактировать горизонтальную полоску, которая автоматически отделяет концевые сноски. Для этого переключаешься в режим просмотра Обычный. Щелкаешь по сноске пока не появится список сносок внизу экрана. Там есть разворачивающееся меню. В нем выбираешь "Разделитель концевой сноски". При этом в окошке покажется эта линия и курсор. Нажимаем Delete. Вставляем слово "Литература" или "Список литературы" или ничего не вставляем, а просто удаляем эту полоску.

Этот способ автоматизации ссылок довольно хорош, пока работаешь с одним документом. Он достаточно удобен. При перестановке абзацев, автоматически переставляются концевые сноски. Если поднести курсор к сноске, высвечивается содержание сноски. Но если есть много таких документов и нужно сделать новый документ на основе этих документов (скажем годовой отчет на основе опубликованных работ) , то дубли придется отлавливать, просматривая весь список вручную, при этом придется переделывать перекрестные ссылки.

Я использую полуавтоматический способ с помощью механизма полей.
Ctrl-F9 - пустые скобки поля {}.
Внутри пишем {set ИмяСсылки {seq Ссылки}}
здесь {seq Ссылки} - еще одно поле, конкретно поле seq, которое генерирует последовательность 1, 2, 3 и т. д. в зависимости от положения этого поля в тексте. Т. е. три поля подряд {seq Ссылки}, {seq Ссылки}, {seq Ссылки} дадут после обновления (F9 или переключение между режимами просмотра) последовательность 1, 2, 3.
Итак, если нужно сделать новую ссылку, то вставляем поле {set Пушкин {seq Ссылки}} (мы присвоили метке Пушкин переменный номер {seq Ссылки}) и рядом в квадратных скобках вызываем эту метку [{seq Ссылки Пушкин}]. Надо сослаться на другого автора делаем так {set Гоголь {seq Ссылки}}[{seq Ссылки Гоголь}]. Если на того, который уже был (перекрестная ссылка) , то так [{seq Ссылки Пушкин}] (т. е. поле set для каждого автора в тексте встречается только один раз) .
В списке литературы
[{seq Ссылки Пушкин}] Пушкин. Избранное.
[{seq Ссылки Гоголь}] Гоголь. Вечера на хуторе близ Диканьки.

Конечно каждый раз замаешься вводить эти конструкции, поэтому я их записал как макросы и назначил им клавиши.
Естественно, нумерация формул и рисунков осуществляется по этой же схеме, только последовательность называется не Ссылки, а скажем Формулы или Рисунки. (На самом деле в качестве названия последовательности можно использовать один символ, я использую $ - для ссылок на литературу, ! -для формул и @ - для рисунков. )

Если нужно подсчитать число рисунков, то с помощью поля = "равно" в конце текста:
{set ЧислоРисунков {= {seq Рисунки} - 1}}
И вызвать метку в любом месте текста {ЧислоРисунков}.