Что происходит при запуске экзешного файла?

Двойной клик.... Хм, ну, допустим, у на windows.
После двойного клика по файлу в проводнике.. .
1. Проводник вызывает системную функцию открытия файла.
2. Эта функция вызывает функцию создания процесса.
3. Последняя функция открывает .ехе файл, читает заголовок, выделяет оперативную память для процесса, загружает данные (в т. ч. машинный код) в память, загружает библиотеки, если они не были загружены, производит инициализацию и переходит к точке входа (адрес первой машинной команды) .
Для этого она вызывает кучу других функций.

После этого программа сама ответственна за своё выполнение до момента, пока не будет возврата в вызвавшую функцию или вызова команды ОС, предназначенной для завершения программы.

Если конечно это не .net.

компиляцию делает компилятор, компоновку - компоновщик.
После компоновщика выходит исполняемый файл, который запускается двойным щелчком в проводнике без всяких там компиляций.

"при запуске экзешного файла" происходит описанное в пункте 4

вы не путайте товарищь! сборку проекта с запуском ЕХЕ файла, это очень разные вещи. и касательно второго происходит (исходя смысла вопроса) развертывание РЕ формата. почитайте об этом! а то что вы написали под пунктами 1-4 это к области получения ЕХЕ фала РЕ формата.

При клике на EXE файле происходит
4. Загрузка программы в ОЗУ и её выполнение центральным процессорным устройством.
1-3. Происходит на этапе компиляции, т. е. создается машинный код. И делается это единаразово для подготовки запускаемого файла. После этого ехе исполняется начиная с 4 этапа.

все описанное происходит на стадии компиляции в exe, описанное больше на транслятор похоже но не на С++