как прописать в редакторе (к примеру автокад) структурную решетку вещества, и создать тем самым объект энергией???

А теперь тоже самое, но по-русски.

чего?

Автокад - это САПР (система автоматизации проектирования), то есть система моделирования (в основном графической модели).
Эта САПР имеет средства диалогового редактирования и задания данных, а также средства автоматизации, то есть программирования. Объекты поштучно могут быть снабжены списком их физических свойств, описанием размеров и т. д. Это всё для изобразительности и получения справки тыканием в модель.
Реальная математическая модель силовых напряжений, теплопроводности может храниться как в базе Автокада (чертеже) так и в отдельных файлах и пересчитываться методом конечных элементов, программой написанной на ЛИСП или VBA.
А изменения могут отображаться постепенно в графической модели.

Программа расчета модели может и не зависеть от Автокада, быть написанной на любом языке, но должна выдавать какие-тот данные по текущему положению объектов для Автокада - для графической модели.
Автокад будет считывать данные и перемещать объекты.
Данные должны выдаваться в виде, удобном для считывания Автокадовскими функциями.
Ряд Автокадовских функций может обеспечить управление процессом, а сложные вычисления могут выполняться внешними программами.

Скажем так если вы такое напишите - то возможно. В остальном это бредовые хотелки долекого от программирования человека. Начнем с конца. Ассемблер - это не программа, а язык мнемонирующий машинные коды процессора. Далее что есть автокад - это интерпретатор языка лисп заточенный на черчежную графику. Теперь что же вы хотите получить - интерпретатор - который будет преобразовывать трехмерный граф в математическую модель химических веществ - вывод вам на кафедру дискретной математики хим института.