Обработка видео

Я бы посоветовал (в отношении фильмов) пользоваться программой VirtualDub.
Вот её основные преимущества перед другими программами :
1. Существует очень давно
2. Переодически обновляется, улучшается и исправляются уже мелкие недочёты
3. Есть отлично русифицированная версия программы и справка на русском языке
4. Легка в управлении (несложно изучить методом "тыка")
5. В Интернете много информации по ней. Что и как в ней делать.
6. Множество надстроек к ней (Плагинов или Plugins).
7. Поддержка (также с помощью надстроек) , по моему, всех существующих форматов как видео так и звука
8. Мало занимает дискового пространства, сама использует минимум ресурсов ПК (все ресурсы используются на обработку видео/звука)
9. Работает со всеми кодеками установленными в системе (если только кодек не заблокирован производителем этого кодека)
10. Вы сами можете выбирать формат, размер, эффекты и прочее, прочее при обработке видео и звука
11. Конвертировать из любого формата в любой, как видео, так и звук
12. И чуть ли не самое главное - она БЕСПЛАТНА.

Плагин для удаления логотипов тоже имеется на просторах Интернета.

Вам нужен фильтр для удаления логотипов из видео.
Рекомендую VirtualDub MSU Logo Remover или Logoaway

только в VirtualDub при помощи фильтра logoaway

Вполне осуществимо с помощью VirtualDub, если в нем нет плагина, можно легко его найти ЗДеСЬ.