Как пишут программы для микроконтроллеров?

дай почту, глядишь даже полный курс лекций по микроконтроллерам вышлю ;=)

А вообще мы на готовых учебных комплексах под ASSEMBLER работаем (хотя их схемы вполне типовые)

I8080, MCS51

сейчас новые микрики есть NEC они под USB уже сделаны и полностью софт и примеры для программирования имеют!!!

Для этого лрограммируются сигналы логически. Там есть соединения, диоды И ИЛИ или исключающие. Логику программируют на ассемблере, на Си.
Есть предмет в немецких уни: LDDS Logical Design of Digital Systems. Погугли про него инфо. Не уверенна, что в и-нете есть подробная инфо на русском по этой теме.

На Ассемблере или других языках Высокого уровня!

Код пишется преимущественно на ASM заточенном под конкретные семейства контроллеров. В принципе можно писать практически на чем угодно. Потом только возникнут проблемы в трансляторе. Гы.
В принципе есть оболочки для а-ля ООП. Но на вкус и цвет как известно.
Код шьется в контроллер посредством програматора.
Разновидностей их привеликая куча. есть заточеные строго для работы с определенными м/с есь мультиформатники.
Инфы по этим вопросам в инете море.
Ищите по разделам Микроконтроллеры. PIC контроллеры. Програматоры.
Так как вы задали вопрос весьма расплывчато. То ответить на него точно весьма затруднительно.
Еще раньше работу с м/контроллерами достаточно четко и подробно описывали в журнале "Радио".
А так литературы море.
У нас в конторе типично пользуют ASM, паскаль.
Работаем на ПИКах и еще раде спец микрух. Ну далласы встречаются.