БОТЫ – существительное МУЖСКОГО рода, и это не зависит от того, какой омоним имеется в виду: судно или обувь.
Если слово для определения рода дано во множественном числе, то его надо поставить в форму именительного падежа единственного числа и по этой форме определить род: БОТЫ – БОТ.
БОТ – слово МУЖСКОГО рода, так как
★ его можно заменить местоимением ОН;
★ оно сочетается с местоимение МОЙ: мой бот.
Если определить род по каким-то причинам сложно, смотрите словари (толковее или орфографические) – в них род существительных указывается:
