► ир/рацион/а́льн/ый – приставка/корень/суффикс/окончание; основа слова – иррациональн-;
► э/мигр/а́ци/я [й/а] – приставка/корень/суффикс -АЦИЙ-/окончание; основа слова – эмиграций-; запись [й/а] показывает, что последняя буква Я обозначает два звука, первый из которых заканчивает основу, в частности суффикс, а второй является окончанием, то же самое и в следующем слове;
► им/мигр/а́ци/я [й/а] – приставка/корень/суффикс -АЦИЙ-/окончание; основа слова – иммиграций-.
Кстати, все эти слова образованы не суффиксальным способом, а приставочным:
► иррациональный от рациональный при помощи приставки ИР-;
► эмиграция и иммиграция от миграция при помощи приставок Э- и ИМ-.
Все эти приставки иноязычные.
А для большей наглядности – странички другого Морфемно-орфографического словаря этого же автора. Звук [й], входящий в основу слов, в этой онлайн-версии словаря обозначен значком [j].
