как поставить отметку таможни о выезде из РФ ?

Нигде.

Для иностранного гражданина такой способ пересечения границы незаконен. И въезд в Беларусь, с точки зрения тоже незаконен, ибо даже если ему не нужна виза туда, штамп о въезде всё равно должен быть. Ещё пару лет назад на такой способ въезда/выезда закрывали глаза, сейчас следят строго.

"Граждане других государств должны въезжать на территорию Российской Федерации только через международные пункты пропуска." Поскольку на этой российско - белорусской границе их нет, иностранному гражданину придётся найти другой способ покинуть территорию РФ, если конечно же не хочет проблем с визами в РФ в будущем.

Вот например, посмотри это: ecolines.net/pl/ru/info/poryadok-peresecheniya-granicy-mezhdu-respublikoy-belarus-i-rossiyskoy-federaciey

Проще всего полететь самолетом. В этом случае ему придется пройти через пограничников, и штамп появится в обычном порядке. Как вариант, можно поехать по автотрассе. Там тоже стоят посты. Но поскольку авто, особенно в Москве, это пробки, то можно уехать поездом до Смоленска, а там уже сесть на автобус Смоленск - Орша.

Иностранному гражданину нельзя таким образом переезжать из России в Беларусь, это будет нарушением законов и РФ, и Беларуси. Работники РЖД об этом знают, поэтому иностранному гражданину не продадут билет на поезд в кассе и не посадят в вагон, если он умудрится купить билет онлайн (хотя онлайн система тоже должна дать отказ при попытке ввести иностранный паспорт в качестве документа).