Как можно получить загранпаспорт человеку, который живет, учиться и работает в Москве, но прописан в Калужской области?

Если Вы учитесь в Москве, значит должны быть зарегистрированы по месту пребывания. Вот по месту пребывания и обращайтесь в отдел ФМС за оформлением загранпаспорта.

и что за проблема-то в Калужскую область съездить? сел в электричку да поехал. Это намного быстрее, чем получать паспорт в Москве

в едином центре документов.

Административный регламент Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по оформлению и выдаче паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, и по исполнению государственной функции по их учету
4. Оформление, выдача и учет паспортов осуществляются ФМС России (в пределах компетенции) , территориальными органами ФМС России и их структурными подразделениями.
На территории Российской Федерации заявление о выдаче паспорта подается в ФМС России (в пределах ее компетенции) , территориальный орган или подразделение по месту жительства либо по месту пребывания.
Полномочия подразделений по приему заявлений, оформлению и выдаче паспортов определяет руководитель территориального органа (ФМС России в пределах ее компетенции) .
Гражданин, имеющий место жительства и место пребывания в пределах одного населенного пункта, обращается с заявлением в территориальный орган по месту жительства.
На территории Российской Федерации гражданину Российской Федерации, не имеющему регистрации по месту жительства или по месту пребывания, либо имеющему место жительства за пределами Российской Федерации, оформление и выдача паспорта производится по заявлению этого гражданина территориальным органом или подразделением по месту его фактического проживания на территории Российской Федерации.

Однако, недавно вышло Решение Верховного Суда РФ от 4 апреля 2012 г. № АКПИ12-159, в котором сказано:
Таким образом, взаимосвязанные положения абзацев второго и пятого пункта 4 Административного регламента обеспечивают возможность получения заграничного паспорта по месту фактического проживания лицами, не находящимися по тем или иным причинам по месту своего жительства или по месту пребывания, подтвержденным регистрацией, либо имеющим место жительства за пределами Российской Федерации.
Изложенное подтверждается и содержанием пункта 25 Административного регламента, устанавливающего исчерпывающий перечень оснований для отказа в предоставлении государственной услуги по выдаче паспорта. Такое основание для отказа в выдаче паспорта как обращение по месту жительства или месту пребывания, не подтвержденным обязательной регистрацией, либо отсутствие регистрации по месту жительства или по месту пребывания, в данном пункте Административного регламента отсутствует.

В общем, если Вы зарегистрированы по месту пребывания в Москве-обращайтесь в соответствующее подразделение УФМС по г. Москве. Если нет-всё равно обращайтесь туда, сославшись на решение ВС РФ.