Могут ли не выдать загран если он уже отправлен на внесение данных на чип?

Если на вас не наложены ограничения на выезд за границу в соответствии с федеральным законодательством, то паспорт обязаны выдать в положенный срок. Нарушение срока выдачи будет административным правонарушением со стороны должностных лиц и карается по статье КоАП 5.63.

Если на вас наложены ограничения, то вам в те же сроки обязаны выдать письменный отказ с указанием причины отказа.

Сначала принимают решение о выдаче паспорта, а потом уже руководствуясь этим решением его изготавливают и выдают. Раз паспорт изготовлен, то значит решение о выдаче уже 100% принято. Так что следите за сроками и жалуйтесь, если срок будет нарушен.

гарантии нет никакой - только когда получите вот тогда это будет 100%

Причины отказа, или ограничения в получении загранпаспорта

В соответствии с действующим на сегодняшний день законодательством Российской Федерации, вы можете быть ограничены в праве на выезд из страны в следующих случаях:
если с вами был заключен договор, согласно которому ваше право на выезд ограничено в связи с тем, что вы допускаетесь к сведениям особой важности, а так же к совершенно секретным сведениям (составляющим государственную тайну) . В этом случае вы не сможете получить загранпаспорт до истечения срока этого ограничения, который должен быть указан в договоре (или в соответствии с Федеральным законом № 114-ФЗ от 15.08.96г.) . Необходимо так же отметить, что срок ограничения может быть продлен Межведомственной комиссией по защите государственной тайны.
если вы подозреваетесь в совершении преступления или являетесь обвиняемым, то ваше право на выезд ограничивается до вынесения решения по делу либо вступления в силу приговора суда.
если вы осуждены, то ваше право покинуть страну может быть осуществлено после отбытия наказания либо после освобождения от наказания.
если вы не исполняете обязанности, наложенные на вас судом, то паспорт вам выдадут только после того, как все обязательства будут исполнены или стороны не достигнут согласия.
если вы призваны на военную службу. В этом случае паспорт вы получите после окончания срока военной (или альтернативной гражданской) службы
если при оформлении документов вы сообщили о себе ложные сведения, то в этом случает вопрос о выдаче вам загранпаспорта будет рассматриваться органом, который оформляет эти документы. Срок рассмотрения не должен превышать одного месяца.
если вы потеряли внутренний паспорт гражданина РФ или ваш внутренний паспорт не действителен

Так же у тех, кто был ранее осужден, могут попросить при сдаче документов на получение загранпаспорта копию приговора суда и справку об освобождении.

"он уже отправлен на внесение данных на чип" - данные в чип паспорта вносятся на фабрике Гознака.
"Является ли гарантия расчиповки что паспорт 100% выдадут? " - а "расчиповка", это что, изъятие чипа из паспорта?

Все вам выдадут в положенные сроки, сроки выйдут тогда и будите переживать.

Если документы приняли, почему паспорт не выдадут? Ни разу о таком не слышала.