Про крыс и запах!

Вы не одиноки. Такая проблема у многих, вариантов два: 1) если есть "рукастый" знакомый, то езжайте на строительный рынок, покупайте сетку и мастерите решётчатые полки, 2) оклеиваете полки самоклеящейся плёнкой.

см. Домики и укрытия для крыс http://www.anfiska.biz/razv/dom.htm там же Как изготовить жилище для крысы самостоятельно http://www.anfiska.biz/razv/samno.htm
там много интересного, надеюсь, поможет

полочки или поддон?
поддон должен быть из пластика или металла да, а вот полочки как раз таки должны быть из дерева, потому что оно дольше держит тепло.
если брать из металла, то придётся накрывать тканью, иначе в холодное время года крыски могут простудится.

Придется полочки убрать, а чтобы крыскам было где полазить делаете следующее:
Во-первых домик (для троих - минимум коробка из под обуви) ; с боку прорезаете полукруглое отверстие около 7 см в диаметре. Внутри него они будут спать и отдыхать, а на крыше бегать, есть, сидеть и т. д.
Во-вторых, нужно что-то в верхней части клетки (если она вертикальная) : гамачки из ткани, ветки деревьев (желательно фруктовых, и очищенных от коры) , какие-нибудь бруски, да что угодно, по чему они могли бы лазить.
А вот по поводу запаха - минимум его не избежен, т. к. писая крыски метят территорию. Да и этот запах не очень сильный. Они раз пометят и больше не будут, хотя он выветривается со временем.
Хуже обстоят дела с запахом какашек - он сильнее и неприятнее. Вызывает его пища типа: мясо любое, картошка любая, сырая капуста (она вообще не рекомендуется в питании) .
Ваши полочки пока уберите (не выкидывайте) пусть они проветрятся где-нибудь. Потом снова их положите - не будут больше метить. А вот если вы будете намывать их всякими пахучими моющими средствами - они их снова зальют. И может еще быть аллергия на бытовую химию. Они не любят ничего ненатурального.

покупай новую клетку