Почему в дни Иисуса между иудеями и самаритянами была вражда?

В дни Иисуса слово "самаритянин" имело скорее религиозное, чем географическое значение и относилось к приверженцам секты, процветавшей в Самарии. В то время самаритяне поклонялись на горе Гаризим, за что иуде презирали их. (Иоанна 4:20-22)

см о том от Иоанна..

После смерти Соломона, его сын Равоам неразумно ужесточил методы правления и десять колен Израиля отошли от него и образовали другое государство со столицей Самария. Вот после они и жили как две Кореи, или две Германии, или два Вьетнама. Иудея и Израиль.

Самаритяне были язычники.

Самаритяне - жители Самарии! Самария если смотреть на словообразование, обозначает САМИ - АРИИ жили там!
На самом деле в те времена там жили еще и СКИФы, отсюда в Палистине есть город Скифополь (город скифов) , т. е. там жили наши предки славяне, отсюда и названия Иерихон (произносится правильно ЯРиХО - это древне славянские боги Ярило и Хорс) река Иордан (ЯР ДОН что значит бурная вода) и еще много таких топонимов говорящих о присутствии языческих славянских племен.
Но так как у иудеев всегда было особое отношение к многобожию, то до конца не поняв соседей они и враждовали, хотя и те и другие были в сущности монотеистичны

Иосиф Флавий "Иудейские древности" - читайте

где есть двое, есть борьба, времена ни при чем

Самаритяне — потомки тех, кто остался в Самарии после того, как в 740 году до н. э. десятиплеменное царство Израиль было захвачено, и тех, кого туда переселили ассирийцы. Самаритяне, религия которых представляла собой смешение израильских и языческих традиций, признавали Пятикнижие.