Допустима ли, с точки зрения закона, атеистическая пропаганда в России?

Да, допустима.
Атеизм это тоже вера.
----
Федеральный закон от 26 сентября 1997 г. N125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях»

Принят Государственной Думой 19 сентября 1997 года
Одобрен Советом Федерации 24 сентября 1997 года

Федеральное Собрание Российской Федерации, подтверждая право каждого на свободу совести и свободу вероисповедания, а также на равенство перед законом независимо от отношения к религии и убеждений, основываясь на том, что Российская Федерация является светским государством, признавая особую роль православия в истории России, в становлении и развитии ее духовности и культуры, уважая христианство, ислам, буддизм, иудаизм и другие религии, составляющие неотъемлемую часть исторического наследия народов России, считая важным содействовать достижению взаимного понимания, терпимости и уважения в вопросах свободы совести и свободы вероисповедания, принимает настоящий Федеральный закон.

а с 988 года, что по твоему пропагандируется

Допустим и нужна. Смый лучший атеизм - это история развития религий.

А что про божественную мартышку человекородицу уже в школах не говорят?

Пропага́нда (лат. propaganda дословно — «подлежащая распространению (вера)» , от лат. propago — «распространяю» ) — распространение фактов, аргументов, слухов и других сведений, в том числе заведомо ложных, для воздействия на общественное мнение. Слово происходит от названия созданной в 1622 году католической организации Congregatio de propaganda fide («Конгрегация подлежащей распространению веры» )
В свете подписанного вчера президентом Закона о клевете я сомневаюсь, что в России останется возможность безнаказанно распространять (любым способом) идеи, идущие вразрез с постулатами государственной идеологии, т. е. православия. Так что инакомыслящим придётся вступить в борьбу.

тока с санкцией пракурора и с разрешения РПЦ....

Прпагандируйте все, что хотите, только без оскорблений.