Как убили Гипатию?

Достоверно известно только то, что ее убили. Остальное - плод самых разных гипотез на основе скудных и противоречивых источников.

Скорее всего это был какой-то акт самосуда. Толпа подстерегла ее, стащила с носилок и убила черепками. Тело сожгли.

Известно, что неоплатоничка Гипатия, которую в народе обвиняли в черной магии, вызывала раздражение как у язычников, так и у христиан. Так что в сговор могли войти и те, и другие. А автор двух специальных работ о Гипатии Faith L. Justice считает, что согласно имеющимся данным, Гипатия приняла смерть не вследствие того, что она была язычницей, или учёным, или женщиной, а вследствие вовлечённости в политику.

Руками убили...

Из за бабы?

Христиане, вчерашние язычники. Это большая трагедия.

По ошибке.
Гипатия говорила людям, что она - маг и чародей. Невежественная толпа взяла и поверила, и вопреки учению Церкви - убила ее.

зверски, как это христиане обычно делают.

Веруны её убили! Всё что не по их вере в мире не нужно

Ее убили так:
Толпа христиан собралась во главе с священнослужителем по имени Питер, которого Сократ Схоластик называет фанатиком. Они похитили Ипатию по пути домой и отвезли ее в «Церковь Цезаря». Затем они полностью раздели ее, после чего убили ее черепицей. Сократ Схоластик, расказывающий об этом истолковал это как что, пока она была еще жива, плоть Ипатии разрезали ὀστράκοις, что буквально означает «раковинами устрицами или черепицей».

Оригинал текста с англоязычной википедии:
A mob of Christians gathered, led by a reader (i.e., a minor cleric) named Peter, whom Scholasticus calls a fanatic. They kidnapped Hypatia on her way home and took her to the "Church called Caesareum. They then completely stripped her, and then murdered her with tiles." Socrates Scholasticus was interpreted as saying that, while she was still alive, Hypatia's flesh was torn off ὀστράκοις, which literally means "with or by oyster shells, potsherds or roof tiles"