Для защиты государства при Б. Годунове были построены крепости: На Западе: На Юге: На Севере: В Поволжье: В Сибири:

Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. С размахом осуществлялось церковное и городское строительство. По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — степной окраине Руси. В 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 — Ливны. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). В 1592 году был восстановлен город Елец. На Донце в 1596 году был построен город Белгород, южнее в 1600 году был выстроен Царёв-Борисов. Началось заселение и освоение опустевших во время ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области) . В Сибири в 1604 году был заложен город Томск.
В период с 1596 по 1602 годы было построено одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена, которую впоследствии стали называть «каменным ожерельем Земли русской» . Крепость была построена по инициативе Годунова для защиты западных рубежей России от Польши.

Для защиты России с запада и севера в годы правления царей Федора Иоанновича и Бориса Годунова были возведены две мощные каменные крепости - в Смоленске и на Соловецких островах. Первую поставили за 7 лет (1595 - 1602) "каменщики и кирпичники и всякие гончары со всея Русские земли" под руководством Ф. С. Коня, который к тому времени закончил строительство Белого города в Москве. Эта крепость, живописно раскинувшаяся высоко над Днепром, является достойным памятником талантливому мастеру.
О строительстве Смоленской крепости Борис Годунов писал: "Построим мы такую красоту неизглаголанную, что подобной ей не будет во всей поднебесной.. .Смоленская стена станет теперь ожерельем всей Руси.. .на зависть врагам и на гордость Московского государства".