Можно ли включать в договор "О найме на работу" пункт: Штраф за невыходна работу 1000 рублей?

Евгений, если это трудовой договор (то есть там прописаны Ваша должность, уровень заработной платы, время начала и окончания рабочего дня/смены) , то включить туда можно что угодно, хоть штраф в 1000000 рублей за опоздание. Только действовать такое условие не будет, так как противоречит Трудовому кодексу РФ, где за нарушение дисциплины предусмотрены лишь 3 вида взыскания: замечание, выговор и увольнение по соответствующим основаниям.

Если же это договор не трудовой, а, например, подряда или возмездного оказания услуг, то там вообще не может быть такого понятия, как невыход на работу, потому что предмет таких договоров - это определенный объем работ или конкретная услуга, и выход или невыход куда-то подрядчика значения не имеет.

Трудовой Кодекс РФ не предусматривает штрафы!
Включить такой пункт в ТД вы можете, но сотрудник в суде оспорит это! И - будет прав!

По идее в договоре указывается ВСЕ, чтоб потом не было "мучительно больно"...

Работодатель имеет право наказывать за прогулы.

Написать-то можно, но если Вас оштрафуют, то можно смело в суд идти, т. к. штрафы в трудовом договоре не признаются в Трудовом кодексе.
За прогулы и опоздания можно получить административные взыскания, уволить даже могут, если правильно оформят прогул. Но штраф - нет.

нельзя. Трудовой кодекс не предусматривает штрафов работников (в данном случае) . Если говорят обратное - наебка, читай ТК. Судя по вопросу - уже повод стуканутьв Роструд.