как запускать скачанные программы на линукс, ?

Линукс - это кто? В разных дистрибутивах может быть по-разному. Программы - это кто? Пакет или дистрибутив?
Прежде всего подавляющее большинство нужных программ находится в репозитории Вашего Линукса. Ищите какое средство работы с репозиторием у Вас есть. Какой ни будь "Центр установки" или что-то в этом роде. Например, Synaptic.

Если Ваш Линукс поддерживает пакеты - deb или rpm к примеру, читайте про их установку. Если Ваш Линукс поддерживает APT - всё предельно просто. Идём в директорию где лежит пакет чтототам. rpm и от суперпользвателя пишем:
apt-get install чтототам. rpm

Если APT нет - читаем про установку Вашего типа пакетов.

Если программа в дистрибутиве (как правило это архив, например, чтототам. tar.bz2) - распаковываем архив куда-то и видим там текст, как правило readme.txt или install.txt
В нём и читаем инструкцию по установке. Если это просто исполняемые файлы (например Skype версия static потому так и называется, что в ней уже всё есть, к системным библиотекам ей обращаться не нужно) - распихиваем файлы куда указано. Например, бинарники в /usr/bin/ иконки и звуки в /usr/bin/share/skype/ ярлык рабочего стола на рабочий стол и не забываем поменять ему права на себя.

Если это установочный дистрибутив, как правило запускаем configure и видим, что он отстрелялся нормально. После этого делаем make и уже от рута - make&install

Если configure ругнулся - смотрим, чего ему не хватает. Как правило, системных библиотек. Ищем, устанавливаем, запускаем снова, пока не скажет, что прошло успешно.

это смотри

читай до самого низу, полезно будет!

wine поставь

Смотря какого формата скачал

смотря какой линукс, виндошные программы могут в ограниченном состоянии запускаться в wine

архивы tar bzip просто расспаковываем, заходим в папку к примеру из терминала и запускает файл с программой

Пример: программа распаковалась в папку /home/user/firefox/
В терминале набираем: cd firefox
запускаем программу : firefox