BootMGR is missing

Отвечаю на вопрос в чем дело, так как что делать уже подсказали!

Загрузчик и система находятся на разных томах* (а в данном случае тома еще и на разных физических дисках) .
Происходит это потому, что установщик Windows стремится прописать свой загрузчик именно в активный раздел (если таковой есть - если нет, то помечает подходящий на его взгляд как активный) . Если активных разделов несколько, то при установке выбирается, если я правильно помню, то ли первый по списку, то ли тот, где уже есть другой Windows'овский загрузчик.

UPD: У меня доходило до смешного - ставил Windows 7 с eSATA-диска, так установщик прописал загрузчик на него! Блджад, на тот самый диск, с которого устанавливался ^_^ (это, кстати, намекает на то, что поставить windows можно прям с того жесткого, на который она ставится) . Слава Богу, теперь я знаю, что можно вызвать консоль во время установки (Shift+F10) и запустив diskpart снять атрибут активности с ненужных томов.
___
*том = раздел

В смене буквы диска.

Поврежден или отсутствует загрузчик Win7

восстановление загрузчика

вставить установочный диск Windows 7
загрузиться с диска
выбрать страну/язык
внизу войти в режим восстановления системы
выбрать устранение проблем с загрузкой
если не нашло проблем, вернуться в опции восстановления, выбрать Командная строка
выполнить: bootrec /fixboot, bootrec /fixmbr
закрыть командную строку
выбрать Перезагрузка и вынуть диск

Проблема явно в голове.