Как установить windows на один логический раздел, а все остальное на другой?

устанавливать софт в другой раздел нет смысла, если это только не портабл версия. ибо после того как винда навернется и будет переустановлена, то весь софт закинутый на диск Д: придет в негодность и потребует переустановки.

если вопрос стоит в том чтобы сохранять инфу на другой раздел, это все можно частично решить штатными настройками. например папку сохранения в браузере можно изменить в настройках, или же сделать так что браузер будет каждый раз спрашивать куда сохранить файл. в офисе можно изменить местоположение папки "мои документы" на любое другое, куда он будет предлагать по умолчанию сохранить документы. для тех же программ где это нельзя, задать новое место сохранений, можно ту же папку "мои документы" через реестр или твикер исправить на новое местоположение. а еще часть папок можно разрулить через жесткие ссылки.

Если у тебя диск общим обьемом 500 гб то подели его так : диск С — 65 гб, диск D – 400 гб . А теперь раскладка : диск С - рабочие программы диск D – мои файлы .
Если диск 1000 гб то подели его так : диск С — 65 гб, диск D – 385 гб, диск E – 480 гб .

Ну так установите ОС на диск С, а все остальное устанавливайте на D. В чем проблема?

Разбей ДЖ на 2 раздела, под винду гигов 100 выдели и установи на этот раздел. А потом при установке прог тебя будут спрашивать куда установить, вот ты и указывай папку на разделе без винды.