Почему SSD накопители разных размеров?

Разница есть. Это скорость, и она зависит от цены грубо говоря

Для универсальности, например для ноутбуков.

Если тот же интерфейс SATA будет использоваться в M.2 то разницы нет но бывает NVME работающий через PCI-E там скорости выше.

Даже "прямоугольные" SATA SSD внутри часто полупустые и даже на более медленных SATA-моделях (в сравнении с M.2 NVMe) можно получить очень красивые цифры в CrystalDiskMark (в некоторых режимах работы, использующих часть оперативной памяти для повышения скорости любых дисковых операций)

в плату М. 2 вставляются, но и у них интерфейс может быть САТА и скорость 500, а не 5000

Есть такое понятие как "форм фактор". Есть обычные 2.5" SSD (прямоугольник), есть M2 SSD (прямоугольная маленькая плата, разной длины =)) и еще куча других вариантов - например как устройство подключаемое в PCIe 16x. И у них помимо форм фактора - еще могут быть разные интерфейсы, причем очень. Даже у M2 - помимо того что там есть SATA и PCIe, так и с разным количеством линий PCIe (1-4) Так и еще и даже M2 c PCIe - могут быть варианты на старых контролерах без поддержки NVME :). А у 2,5" SSD - может быть и SATA и SAS, так и PCIe(встречается там свой стандарт). Да и 3,5" и 5" никто не отменял - были какие то там "извращения".
А ведь есть еще и USB. А есть еще целые "сервера", которые из себя предстваляют отдельный компьютер с SSD накопителями - например серверные NAS, и его в принципе тоже можно назвать "SSD"...
Да и вообще то даже карты памяти и USB флешки - частный случай SSD, просто их так обычно не называют. Да и SSD - просто "разрекламированное" последнее распространенное название (хотя интел хотело предложить свой "бренд", под старым соусом - что то не выгорело), раньше как только не "обзывали" тоже самое, до SSD - например часто называли DOM, раньше - тоже куча названий, ведь принцип хранения используют с 60-70 годов прошлого века :).
Вообще там зоопарк, даже намного намного больше, чем то о чем спрашивается ...
PS: Ах да - совсем забыл про микросхемы флешпамяти с разными интерфейсами - например такие как eMMC (используется в смартфонах например) и микросхемы флеш со встроеными PCIe (тоже смартфоны, например последние яблокофоны), есть уже и с PCIe NVME варианты (вроде как, обещали) и куча других - они тоже являются SSD.
Уточнение почему NAS сервер может быть "SSD", да потому что сами "обычные" SSD - это зачастую ARM (не все) SOC(system on chip/система на чипе:)), 1-8 ядерный (вроде бы уже) о_0, со встроеной/внешней озу и кучкой флешпамяти.

Как понимаю квадратные ( на деле все таки прямоугольные) в корпусе - это саташные ссдшки. В плату это pci-e диски... Вот в плату диски шустрее, причем в разы... Но цена этому - греются прилично, да и контролировать их состояние ( в плане как смарт ссдшки) сложнее ( буду рад узнать если есть какая то программа для узнавания его состояния), ну и количество в большинстве плат не так много поставишь, да и относительно старые платы их не поддерживают. Конечно же систему лучше на такой ставить если есть возможность,. Саташные опять таки медленее, но их проще контролировать состояние, ну и для любой платы подойдут... Да и в качестве доп диска очень неплохо будет. Ну и греються впринципе меньше.

потому что "квадратные" это переходные модели, как замена HDD.
в будущем их не будет, вымрут.