в чем состоит принципиальное отличие программы древних и современных олимпийских игр?

Если говорить именно о программе, то на античных Олимпийских играх помимо атлетических соревнований проводился и конкурс искусств, с 84-х Игр (444 до н. э. ) ставший официальной частью программы.

Если говорить о других отличиях, то я бы отметил три:

1. Соревнования моли посещать и участвовать только мужчины. Женщинам под страхом смертной казни запрещалось появляться в Олимпии в течение всего празднества (согласно некоторым источникам, этот запрет распространялся только на замужних женщин) .

2. Соревнование было ориентировано исключительно на греков (эллинов) . Как отмечает Геродот, «когда Александр [Македонский] пожелал принять участие в состязаниях и для этого прибыл в Олимпию, то эллины, участники состязаний, требовали его исключения. Эти состязания, говорили они, для эллинов, а не для варваров. Александр же доказал, что он аргосец, и судьи признали его эллинское происхождение. Он принял участие в беговом состязании и пришел к цели одновременно с победителем» .

Впрочем, этот принцип был нарушен, когда Эллада попала в подчинение к Риму (в середине 2 в до н. э.) , поэтому в числе победителей оказались даже некоторые римские императоры (в том числе и Нерон, «выигравший» скачки на колесницах, запряженных десятью лошадьми) .

3. Вход на соревнования был бесплатный! :-)

Были и другие отличия, про них можно прочесть в статье ОЛИМПИЙСКИЕ ИГРЫ ДРЕВНЕЙ ГРЕЦИИ.

Думаю, ни в чём. Наверняка и тогда использовали допинг, подкуп судей и т. д. и т. п.