Цель: Поднять виртуалку с тем же HWID что и на основной машине

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Cryptography
Это?

HWID весьма расплывчатое понятие и может включать в себя разные компоненты системы.

Смотря к чему привязан софт. Узнать к чему привязан можно иногда у производителя (если он "добрый" =), или самому имея навыки дизассемблирования ;). MAC адреса сетевых карт не проблема выставить почти в любой виртуалке, CPUID обычно "пробрасывается", VolumeID у дисков не проблема склонировать, однако виртуальные жесткие диски имеют специфические названия и если программа привязывается к ним придется копаться _как минимум_ в реестре
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\Disk\Enum

Универсальных рецептов к сож. нет и тема слишком обширна, чтобы описать в двух словах _все_ возможные случаи.
Более того виртуализация не до конца эмулирует абсолютно всё поведение реального железа =)
Н-р можно вытащить названия модулей памяти из SPD на настоящем железе, на виртуалке скорее всего Вы его не получите.

Отмечу, что у некоторых программ защищенных от копирования есть специальное детектирование - запущена она в виртуальной среде или нет. Более того названия некоторого "виртуального оборудования" жёстко вшиты в программы виртуализации и без жёсткого патча программы ничего сделать нельзя.

Можно попробовать косвенно узнать у производителя - н-р у меня вышла из строя мат. плата/жесткий диск планируем замену - слетит ли привязка? или я планирую провести апгрейд компьютера - что я могу поменять, чтобы программа осталась рабочей? ну как-то так.