Можно ли получить визу в Японию не обращаясь в турфирму?

Можно, но сложно. Проблема в том, что Вас кто-то должен пригласить и при этом взять на себя немалые обязательства, в том числе и финансовые. Думаю, что при получении визы через турфирму такие гарантии дает принимающая турфирма и закладывает их цену тура. Если же оригиналы документов от принимающей стороны у Вас уже на руках, то, по сравнению с другими странами, особых проблем нет. Обычно визу оформляют в течение 5 дней, но, если потребуется что-то проверить, могут держать и месяц.

Не вижу препятствий сделать это самостоятельно: http://archive.travel.ru/japan/formalities/visas/

Документы подаются в то консульство, к которому относится территориально место жительства заявителя.

Подача документов в консульский отдел посольства Японии в Москве осуществляются с понедельника по пятницу, с 09.30 до 12.00, выдача документов - с понедельника по пятницу, с 14.30 до 17.30. В ведении посольства находится вся территория РФ за исключением территорий, входящих в ведение нижеперечисленных Генконсульств, а также Армения.

В Генеральном консульстве Японии в Санкт-Петербурге прием документов осуществляется с понедельника по пятницу, с 09.30 до 12.00, выдача документов - с понедельника по пятницу, с 15.00 до 18.00. В ведении Генконсульства находится Ленинградская область.

В Генеральном консульстве Японии во Владивостоке прием документов осуществляется с понедельника по пятницу, с 09.30 до 12.00, выдача документов - с понедельника по пятницу, с 15.00 до 18.00. В ведении Генконсульства находятся Приморский край, Камчатская область, Магаданская область, Корякский автономный округ.

В Генеральном консульстве Японии в Хабаровске прием документов осуществляется с понедельника по пятницу, с 10.00 до 12.00, выдача документов - с понедельника по пятницу, с 15.00 до 17.00. В ведении Генконсульства находятся Хабаровский край, Бурятия, Агинский Бурятский автономный округ, Республика Саха (Якутия) , Амурская область, Иркутская область, Читинская область, Еврейский автономный округ.

В Генеральном консульстве Японии в в Южно-Сахалинске прием документов осуществляется с понедельника по пятницу, с 10.00 до 11.30, выдача документов - с понедельника по пятницу, с 15.00 до 17.00. В ведении Генконсульства находится Сахалинская область.