на поезд Москва-Калининград нужем загран паспорт??

ДА, для проследования из основной России в Калининградскую область железнодорожным транспортом требуется загранпаспорт, а также транзитная виза Литовской Республики. Виза называется УПД-ЖД, и выдается автоматически консульскими органами Литвы при запросе кассира после продажи Вам билета; в 99% случаев проблем с ее получением не возникает, - но в случае отказа Литвы в Вашем транзите - Вы сдаете билет, и получаете назад 100% его стоимости. При покупке билета в международной кассе вокзала, Вы ставите свою подпись под информацией о том, что требуется согласие Литвы на Ваш проезд через ее территорию, и оставляете телефон кассиру; в случае отказа в визе Вас известят в течение суток. Если звонков не последовало - значит, все ОК, Вам разрешили проезд. В этом случае в поезде после отправления из Москвы сотрудник консульской службы Литвы выдаст Вам бланк с наклеенной бумажкой FRTD (который по сути является национальной двухкратной транзитной визой, дающей право находиться в Литве 6 часов в каждом направлении, без права выхода из поезда) , и на пограничной станции Кяна Вы спокойно пройдете белорусско-литовскую границу. Потом, проследовав Вильнюс, в Кибартае снова пройдете границу, и въедете в Россию по ст. Нестеров.
В загранпаспорте у Вас будет стоять аврест Белоруссии (скорее всего, КПП Сморгонь) и инрест России (КПП Нестеров) . Штампы погранконтроля Литвы будут проставлены в листок УПД-ЖД.
Для проезда подойдет также многократная шенгенская виза любой страны - но опять же, она вклеивается в загранпаспорт ;)
Загранпаспорт должен быть действителен в течение 90 дней после поездки в Калининград.
Без загранпаспорта Вам просто не продадут билет на поезд.

Поэтому по внутреннему паспорту из Москвы - только самолет.

Нужен. И транзитная литовская виза (оформляется при покупке билета).

Нужен -и траблы с Литовскими погранцами и пасольством - летите самолётом и дешевле и быстрее

нет.

Нет)

да и транзитная виза

Обязательно, а визу разовую транзитную делают при покупке билета