На какой высоте летают самолёты Москва-Питер?

6-8км

9...12 тысяч метров. Хотя время полёта на эшелоне от Москвы до Питера - очень маленькое, набор высоты и снижение занимают чуть ли не больше времени, чем полёт на эшелоне.

Да как и на Казань...

10 километров, вот только на такой высоте самолет проводит минут 15-20, еще 20 минут это набор высоты и снижение.

Все реактивные пассажирские самолёты летают на высоте около 10 км +- пару км. Чтобы не расходовать лишнее топливо. Это оптимальная высота для них, учитывая соотношение "скорость / плотность воздуха".
Если летать ниже, то слишком большое сопротивление воздуха, а выше просто не хватит давления воздуха для надлежащей подъёмной силы и обогащения горючей смеси (придётся летать на сверхзвуковой скорости, а это требует дополнительного расхода топлива, учитывая современные технологии).
А топливо нынче дорогое.

Да тут лету о всего 40 минут - дай бог 5 км успеет набрать высоты

Есть приложения в плеймаркете по отслеживанию самолетов. Там и глянь. Разные самолеты летят на разных высотах. Какую дистпетчер сказал, на той и полетят из доступных.

Из диапазона доступных высот выбирают такую высоту, на которой дует попутный ветер (а скорость ветра на высоте бывает и 100 км\час), чтобы уменьшить расход топлива. И часто бывает, что в одном направлении самолёт летит на одной высоте, а обратно на другой. Точную высоту называет перед полётом бортпроводница, когда делает объявление пассажирам.

Галоперидол поешь.