Можно ли автомобиль снять с учета, если есть задолженность по транспортному налогу?...

Можно. Налоги, штрафы, коммунальные и прочие платежи НИКАК не клияют на регистрационные действия ГАИ (снятие-постановка, замена и выдача прав, ТО и т. д.) . А для особо ретивых ГАИшников, которые об этом не знают, есть.. .

указание о недопустимости истребования при юридически значимых
действиях

В Департамент обеспечения безопасности дорожного движения МВД России поступают многочисленные обращения граждан и организаций, связанные с незаконными требованиями сотрудников подразделений ГИБДД о предоставлении при совершении регистрационных действий с транспортными средствами, выдаче и замене водительских удостоверений, проведении государственного технического осмотра различного рода справок и документов, удостоверяющих не лишение права управления транспортными средствами, отсутствие задолженности и полноту уплаты транспортного налога, коммунальных и других муниципальных платежей, штрафов за административные правонарушения и т. п.

В связи с этим Департаментом ОБДД МВД России подготовлено и направлено на места указание от 20.04.2009 года № 13/5-77, которым Главным государственным инспекторам безопасности дорожного движения по субъектам Российской Федерации предписано принять меры к исключению фактов необоснованного истребования сотрудниками Госавтоинспекции при совершении юридически значимых действий документов, не предусмотренных нормативными правовыми актами, а по каждому факту обращения граждан и организаций, связанному с необоснованным истребованием указанных документов, проводить соответствующие служебные проверки с принятием к виновным мер дисциплинарной ответственности.

Сайт ГИБДД

Данные налоговой не отражаются в данных ГИБДД. Снять можете, но налог придётся платить по любому, иначе ждите приставов))))

насколькоя знаю нет

при снятии с учета мусора проверяют каждую мелочь так что однозначно нет