Питаются главным образом рыбой, В желудках среднего размера ужей находили иногда до 40 мелких сазанчиков длиной в 20—30 мм и небольших рыб размером до 12 см. Справиться с крупной добычей ужу нелегко. Крепко сжав пойманную рыбу в пасти и подняв ее над поверхностью воды, змея устремляется к берегу, где, имея твердую опору для тела, постепенно заглатывает ее, всегда начиная с головы. Слишком крупную рыбу, которую уж не в состоянии проглотить, он бросает тут же на берегу. Кроме рыбы, пищей водяных ужей служат лягушки и головастики.

В Закавказье его называют "стрела-змея".
На всем ареале водяного ужа, как следует и из его видового названия, наличие водоемов — определяющий фактор существования этой змеи. Водяные ужи в гораздо большей степени, чем обыкновенные, связаны с водоемами, вне которых встречаются очень редко. Заселяют не только пресные, но и сильно засоленные воды; нередки и на морских побережьях. Прекрасно плавают, справляясь даже со стремительным течением горных потоков, и могут долгое время находиться под водой. Убежищами им служат пустоты под камнями, норы грызунов, сухое сено, снопы тростника.
“Уж-зять” или “Уж-водяной” (с. Млёво Тверской области)

Уж водяной неагрессивен, при виде человека он обычно старается скрыться в воде или в укрытии. Укусы крайне редки. Для человека практически не представляет никакой опасности. Однако это не мешает местному населению и туристам активно истреблять водяных ужей, называя их "шахматными гадюками" и ошибочно считая ядовитыми.

В Приазовье живет особый вид водяного ужа - с шахматными пятнышками по всей поверхности. Местные жители их ошибочно называют "болотной гадюкой". Самое же главное – у водяного ужа нет желтых пятен на затылке, так называемых “ушек”. Из-за чего те же херсонцы лишают его права именоваться ужом.

Поймать водяного ужа нетрудно, если не дать ему возможности сползти в воду. Когда он бывает застигнут врасплох, то разыгрывает целый спектакль, изображая из себя ядовитую гюрзу. Эффект почти полный. Окраска у них похожа, только пятна у ужа более четкие, расположенные на теле в шахматном порядке. Водяной уж раздвигает ребра, тело его становится плоским, он громко шипит и кидается. Все его атаки рассчитаны на запугивание. Он, как и обыкновенный уж, не кусается никогда.