Давайте для начала разберемся, что такое человеческий слух.
Номинально человек может услышать от 20+ гц до 20 кГц. Очевидно, что эти самые "водные аудиознаки" не должны портить трек, а это, в свою очередь, означает то, что эти самые знаки будут помещены ВНЕ этих частот, дабы оно не было слышно уху. "An interesting feature of this watermarking technique is that destroying such a watermark requires noise of high amplitude to be added to all frequency bins. This will create visible defects in the data." - цитата из Википедии, т. е. "это создает видимые дефекты данных". Вот и думайте.
Далее. Представьте - крякнутая программа "вписала" эти самые ватермарки в трек, ок, WAV-файл у нас готов. А теперь представьте - трек будет отослан лейблу, звукорежиссеры будут его еще мастерить (а не сводить! ) перед выпуском на лейбле в составе альбома или EP. Далее - трек попадает или в интернет-магазин или уже в MP3 320 kbit/s доходит до конечного слушателя, так или иначе пройдя кучу транскодов, перерендеров и прочей фигни, после которой исходный материал на спектрограмме можно ВООБЩЕ не узнать.
Кроме того, каждый день в сеть выгружаются сотни тысяч новых треков. И теперь представьте - отдельная программа контролировать это не может, нужны специалисты. И как тогда это отследить вообще? Да никак, это будет пустой тратой денег. Проблема водяных аудиознаков СТРАШНО преувеличена.