Почему между представителями многих церквей часто бывает взаимная ненависть и нетерпимость ?

Это чтобы ты отличал, где Христова церковь, а где сатанинская (соответствует приведённым тобой признакам).

человеки. не лучшие его представители/как правительства/

Это у них называется человеколюбие.

Потому что так как сегодняшним правителем на Земле является Сатана. докозательство сего утверждения содержится в Новом завете в евангелии от Луки 4:5
"... Тогда, подняв его на высокое место и показав ему в одно мгновение все царства обитаемой земли, Дьявол сказал ему: «Я дам тебе всю власть над ними и их славу, потому что эта власть отдана мне, и я даю её, кому хочу... "
Чтобы легче было править народами он разделил их увлекая разными видами поклонения"т. к знал что в человеке заложен центр поклонения. Богьприговорил его тем чтоименноиз-за того что люди будут религиозно разделены он пожнет такое наказание:
.
.... Обилием своих беззаконий, несправедливостью своей торговли ты осквернил свои святилища. Я извлеку из тебя огонь, и он пожрёт тебя. Я превращу тебя в пепел на земле, на глазах у всех видящих тебя. 1 Все знающие тебя среди народов будут смотреть на тебя в изумлении. Внезапно ты станешь ужасом и исчезнешь навеки“».

Люди -везде люди, обычные, далекие от совершенства - отсюда и нетерпимость и агрессия. Оттого, что ты переступил порог храма и крестился ещё не значит, что ты преобразился - это означает только одно, что ты хочешь стать лучше, обрести доброжелательных друзей среди себе подобных верующих людей. У кого-то получается, у кого-то не сразу, а у кого-то всё наоборот: начинает гордыня голову поднимать, высокомерие, превосходство ...У кого что за душой, то и начинает проявляться -все мы дети СВОИХ родителей, прежде всего, по образу и подобию их.