магазин 82кв. при расчете ЕНВД коэф К2=кас*кз*кst.=0,75*,06*0,41.Налоговая утверждает: Неправомерно применение Кst.?

Кst применяется для розничной торговли на рынках и др. , т. е. там где нет торговых залов. Почитайте определение "Торговое место". Если у вас код вида предпринимательской деятельности по ЕНВД "07", то вы не можете применять Кst, если "08" или "09", то тогда можно.